Yayasan ini berfungsi sebagai Pelaksana Harian seluruh program pondok yang telah digariskan. Pengurusnya terdiri dari 7 sampai 10 guru senior dan tokoh masyarakat dengan struktur organisasi sebagai berikut : Ketua, Sekretaris, Bendahara, Kepala Biro (Karo) Pendidikan, Karo Dakwah, Karo Kaderisasi dan Karo Dana Sarana, Karo Pusat Studi Islam. Yayasan dibentuk oleh dan bertanggung jawab langsung kepada Majlis Kiai pondok pesantren AL-ISHLAH JENGGAWAH.
Yayasan AL-ISHLAH JENGGAWAH ini diketuai oleh K. AHMAD MU’IN Siroj Dalam pelaksanaan kegiatan sehari-harinya setiap bagian dan biro membentuk struktur organisasi sendiri secara otonom dengan melibatkan guru-guru semi-senior dan junior.
Fungsionaris Yayasan AL-ISHLAH JENGGAWAH
Ketua: K.Ahmad Mu’in Siroj Sekretaris: Ahmad Faruq arsyad S.Pd.I; Bendahara: H. Ahmad Kholid Kepala Biro Pendidikan: H. Ahmad Kholid; Kepala Biro Dakwah dan Pengembangan Masyarakat: H. Marwazi Lc; Kepala Biro Alumni dan Kaderisasi: Abd Rohim S.Pd.I; Kepala Biro Ekonomi dan Sarana: Ahmad Syuib SPd.I