Pondok Pesantren AL- ISHLAH JENGGAWAH diurus dan dikelola oleh beberapa Badan Pengurus yang terstruktur, sesuai dengan bidang tugasnya masing-masing. Badan-badan pengurus tersebut bekerja sesuai dengan prinsip-prinsip manajemen yang modern, efektif dan efisien tapi tetap berpijak pada bingkai visi dan misi dan landasan-landasan AL- ISHLAH JENGGAWAH. kepengurusan tersebut bisa diuraikan sebagai berikut:
- Majlis Kiyai
Majlis Kiai adalah badan tertinggi di lingkungan Pondok Pesantren AL- ISHLAH JENGGAWAH, yang menentukan arah kebijakan pondok pesantren AL- ISHLAH JENGGAWAH baik ke dalam maupun keluar. Anggotanya 4, dengan struktur organisasinya terdiri dari ketua, wakil dan anggota. Ketua dan wakil sekligus berfungsi sebagai pengasuh (Rais) dan wakil pengasuh (naib rais) pondok pesantren AL- ISHLAH JENGGAWAH, dan juga sebagai Pengasuh (murobbi) di lembaga pendidikan yang ada. Khusus untuk menangani pengasuhan santriwati sehari-hari, Majlis Kiai membentuk Dewan Pengasuh Putri yang terdiri dari nyai-nyai sepuh, istri anggota Majlis Kiai.
- Yayasan Pendidikan AL- ISHLAH JENGGAWAH (Mu’assasah Ma’had al-Ishlah al-Islami Jenggawah)
Yayasan ini berfungsi sebagai Pelaksana Harian seluruh program pondok yang telah digariskan. Pengurusnya terdiri dari 7 sampai 10 guru senior dan tokoh masyarakat dengan struktur organisasi sebagai berikut : Ketua, Sekretaris, Bendahara, Kepala Biro (Karo) Pendidikan, Karo Dakwah, Karo Kaderisasi dan Karo Dana Sarana, Karo Pusat Studi Islam. Yayasan dibentuk oleh dan bertanggung jawab langsung kepada Majlis Kiai pondok pesantren AL-ISHLAH JENGGAWAH.
- Lembaga-lembaga dan unit-unit usaha
Lembaga-lembaga dan unit-unit usaha ini sengaja didirikan untuk menunjang terlaksananya program-program pondok secara maksimal. Terdiri dari lembaga-lembaga pendidikan, lembaga-lembaga kaderisasi, lembaga ekonomi (dana dan sarana). Seluruh lembaga dan unit usaha ini memiliki struktur sebagaimana lazimnya organisasi yang terdiri dari Ketua, wakil, sekretaris dan bendahara serta bagian-bagian tertentu yang sesuai dengan spesifikasi bidangnya. Pengurus lembaga-lembaga serta unit usaha terdiri dari guru-guru, santri senior dan profesional lainnya yang diperlukan.