Majlis Kiyai adalah badan tertinggi di lingkungan Pondok Pesantren Al- Ishlah Jenggawah, yang menentukan arah kebijakan Pondok Pesantren Al- Ishlah Jenggawah baik ke dalam maupun keluar. Anggotanya 4 , dengan struktur organisasinya terdiri dari ketua, wakil dan anggota. Ketua dan wakil sekligus berfungsi sebagai pimpinan (Rais) pondok pesantren AL- ISHLAH JENGGAWAH, dan juga sebagai Pengasuh (murobbi) di sentra-sentra pendidikan yang ada. Khusus untuk menangani pengasuhan santri/wati sehari-hari, Majlis Kiyai membentuk Dewan Pengasuh Putri yang terdiri dari Mudzir TMI, Mudzir TMaI, nyai-nyai(istri anggota Majlis Kiyai).
Saat ini struktur organisasi Dewan Majlis Kiyai sebagai berikut :
- K. Ahmad Mu’in Siroj, sebagai Ketua sekaligus sebagai Pimpinan dan Pengasuh Pondok Pesantren AL- ISHLAH JENGGAWAH
- K. Mohammad Wajdy Siroj S.Pd.I, sebagai Wakil Pimpinan dan Pengasuh Ma’had TMaI AL- ISHLAH JENGGAWAH
- K. Tajul Haq S.Pd.I sebagai Pengasuh Ma’had Tahfidh Al-Qura’an AL- ISHLAH JENGGAWAH
- KH. Rahmatullah Fauzi, sebagai pengasuh TMI AL- ISHLAH JENGGAWAH
Sedangkan struktur dewan pengasuh putri sebagai berikut :
- Nyai. Nur Laila Siroj, sebagai Ketua
- Nyai. Nur Zaidah, sebagai Wakil ketua
- Nyai. Sulis Sulhayati, sebagai anggota
- Nyai. Rofiqoh Durri, sebagai anggota